是導師,更是朋友!
——記西安交通大學生命科學與技術學院楊鐵林教授
作者:張康佳 林思香
發布時間:2023-09-07 10:40:57 來源:陜西教育·高教
他,以興趣為航,精研基因,探索未知;
他,以熱愛為槳,砥志研思,力學不倦;
他,以赤誠之心觀大千世界,以敦篤師風育科研新兵。
他,就是西安交通大學“青年優秀導師”楊鐵林。
楊鐵林是西安交通大學生命科學與技術學院教授,博士生導師。他長期從事人類常見疾病的遺傳與生物信息學研究。以第一通訊作者在Nat Neurosci、Nat Hum Behav、Nat Rev Endocrinol等期刊發表SCI論文46篇(3篇IF>20,15篇IF>10),入選ESI熱點論文1篇、ESI高被引論文3篇。文章總被引2000余次,包括Nature、Science等期刊他引,H因子28。楊鐵林授權發明專利3項,軟件著作權3項;主持國家自然科學基金6項;入選國家級青年人才、陜西省“杰出青年基金”、陜西省科技創新團隊負責人;獲“陜西省高等學校科學技術研究優秀成果特等獎”“中國百篇最具影響國際學術論文”等榮譽獎勵,指導研究生以第一作者在Nat Neurosci、Nat Hum Behav等著名期刊發表論文29篇(中科院1區22篇);指導2名博士生獲“陜西省優秀博士學位論文”;培養研究生2人獲國家獎學金,9人獲各類社會獎學金,24人獲“優秀畢業生”“優秀研究生干部”等榮譽稱號,培養的留學生獲“優秀留學生標兵”和“優秀留學生大使”。個人獲 “王寬誠育才獎”“優秀留學生導師”榮譽稱號。
是熱愛,更是堅持
23年前,他來到西安交通大學求學,那個時候開展遺傳和基因研究的人并不多。從一開始的生物基礎學科,到深度接觸“基因”這個概念,楊鐵林的興趣點逐漸顯現出來:“基因研究對我而言非常奇妙,從進化角度來看,一個小分子演變成現在花花綠綠的世界,你會特別驚嘆這個過程。”
2009年,楊鐵林博士畢業,當他得知導師鄧紅文教授希望能在西安交大建立實驗室時,他毅然選擇了留在西安交大,“我們是從無到有去建立實驗室,相當于要自己摸索一條路出來。”2019年,在學校的支持下,楊鐵林和幾位志同道合的師兄弟成立了生物醫學信息與基因組學中心。十余年來,團隊以遺傳學為基礎,從研究方法的探究到研究成果的轉化,為臨床復雜疾病的治療提供了前所未有的新視角。“基因為我們提供了關于這個世界大量的信息,我們要學著去讀懂它。”
楊鐵林認為,讀懂基因本就是極其有趣的過程,是有很多層次的,DNA的轉錄、翻譯、修飾,還有表觀遺傳、轉錄后修飾、翻譯后修飾等。也正因如此,從基因層面研究疾病的時候,才顯得如此充滿趣味和挑戰——“整個生命系統都是復雜且精妙的”。
工具開發:組學時代,可獲取的信息數據龐大復雜,在如此豐富的數據海洋中要怎么做研究,是一個值得思考的問題。團隊成員很快想到了人工智能,在遇到信息讀取和整理等諸多問題時,一件趁手的“工具”就顯得尤為重要。雖然同行中不乏開發智能軟件的人,也有很多可共享的開放資源,但楊鐵林認為不夠。“我們也要學著自己去開發,去創造我們認為精準的、可行的方案。”于是,團隊經過多年摸索嘗試,開發了高效的群體基因組分析與可視化軟件、有效降低數據復雜度的宏基因組聚類新方法、整合多組學的復雜疾病易感位點及風險預測軟件等“自家的趁手工具”。令人欣慰的是,這些“工具”也被40余個國家的350余家實驗室廣泛使用。
數據挖掘:有了工具,楊鐵林就將關注點重新放在了數據上。團隊基于合作醫院的臨床數據和網絡數據庫中的開放性數據,對這些海量龐雜的數據進行深度挖掘,如尋找一個疾病的易感基因或是找到治療某個疾病的DNA位點,這也是當前很多學者及臨床醫生關注的問題。
機制探究:數據挖掘出來以后,就像“一顆成熟的蘋果掛在樹上”,關于這顆蘋果長得這樣好的原因,只有更深入的探討和研究才能夠知道。楊鐵林很關注現象背后的機制,致力于破譯基因與疾病之間的“黑匣子”——“這些靶點也好、位點也好,到底是怎么影響疾病的,這很重要”。
成果轉化:機制清楚,目標明確,距離疾病的治療又更進了一步,楊鐵林和團隊借助基因編輯技術,嘗試從疾病的基因層面直接進行治療。面對困難,楊鐵林選擇迎難而上。為了推進成果轉化,他的團隊與海爾生物科技共建了西安交通大學生物技術與轉化醫學研究院,希望研究成果能夠真正造福社會,讓更多疾病的治療有一個基因視角。
傳承創新:如今,生物醫學信息與基因組學中心已經成為一艘平穩航行的艦艇——老一輩科學家精神在延續,新一代多元化的思想在迸發。心里的熱愛讓楊鐵林始終迎難而上,帶領年輕的科研人積累經驗,培養創新思維,也培養了他們對醫療進步的責任感。
是科研,更是生活
隨著基因測序技術、高通量生物實驗、傳感器等技術的發展,生命科學與生物醫藥領域正在步入數字化3.0時代。數字化、自動化進程加速,楊鐵林緊抓科學發展脈搏,著眼于生物醫學大數據和人工智能發展,結合工科、生物學、醫學、統計學等多學科交叉領域,從基因和細胞分子層面提供疾病發生機制并嘗試解決方案,針對科學領域的熱點問題深入探索。
嚴謹,是楊鐵林從事科研的第一準則。他認為科研不容馬虎,但研究的出發點卻可以很有趣,基因的研究之所以那么吸引人,是因為它關乎每一個人的生命和成長。
常常聽女孩子們說吃甜食會發胖,但吃的過程確實充滿快樂。基于這個觀點,楊鐵林決定從基因角度研究“愛吃甜食”背后的機理。甜食的本質是碳水,他帶領團隊學生開展了醫學大數據分析,找尋數據中的聯系,利用孟德爾遺傳學思維,最終得到結論——攝入相對的碳水化合物在降低抑郁癥風險方面有保護作用。楊鐵林表示,人在吃碳水的時候,就能形成一種很舒服的狀態,他們的工作便是將這種感受用科學的數據呈現出來。最終,實驗結果發表在雜志Nature Human Behaviour上,文章發表后,很多媒體報道了這一與人們生活息息相關的結果。
是導師,更是朋友
楊鐵林教授對科研的興趣、執著和專注,也影響到了團隊里的年輕學生。
尊重學生科研興趣:學生進到中心的第一件事,不是“泡實驗室”,也不是學習數據檢索,而是通過楊鐵林的指導找到自己的興趣點。“科學研究的周期很長,要讓學生去選擇自己感興趣的,只有真正喜歡的東西,才能夠堅持下去。”這里面的選擇包括但不限于軟件開發、數據發掘、機制探究等方面。
關注學生全面發展:楊鐵林深受學生喜愛,不僅因為他在學業問題上尊重學生興趣,更因為他了解新一代年輕人的思維,尊重他們的選擇,引導正確的研究方向,讓他們可以心無旁騖完成科研。“作為導師,我們一定要關注學生的各方面發展。”當他發現學生完成進度滯后,從不會嚴厲地責問,而是與同學耐心地交流,問清楚原因并幫助學生度過困難,順利開展科研。
培養學生自主能力:楊鐵林十分注重培養學生的自我學習和探索能力。生物醫學研究涉及的領域非常廣闊,需要學生主動掌握新的技術工具,充實自身知識儲備。他鼓勵學生要在自己熱愛的領域持續學習,積極主動地獲取知識,并反饋到自己的研究和發展中,推動自身發展。
楊鐵林始終保持著對大千世界的好奇心和探索欲。他懷著赤誠而純粹的想法,一步步打開更精細、更奇妙、更未知的基因奧秘。他常常思考“怎樣能成為對社會有意義的人”,不斷做對國家、社會有價值的事,用實際行動踐行著“言為人師,行為世范”。他的智慧和熱情,也將會影響更多年輕人共同向前。
(張康佳、林思香:西安交通大學)



