由于我國幅員遼闊，各地資源分配不均。因此，我國的高等教育宏觀結構布局存在較多的問題。首先是高等教育在各區域間存在的教育規模不均衡。從宏觀層面分，我國的高等教育存在東中西三地區不均衡問題，即整體的教育規模是東部高于中部，而中部又優于西部。從微觀層面分析，雖然同屬于東部地區，在省級城市與市級城市之間的師資水平、辦學效益等也存在較大差異。[4]有研究指出，由于中西部地區存在人口、經濟發展的落后性，使得該地區的教育規模等也存在明顯不足。隨著高等教育生源的擴招，這種區域不均衡性有所減弱，但難以從根本上消除。其次，高等教育存在區域間的財政支持投入不均衡。區域的財政投入除根據國家相關政策進行投入外，還與當地的經濟收入密切相關。最后，在高考錄取上地區也存在較大差異，這也是一直以來最受爭議的話題，當前還沒有很好的解決方法。