本次年度檢查分為學校自查和檢查組逐校實地檢查兩個階段。省教育廳從民辦高校、獨立學院和省屬非學歷高等教育機構中遴選教學、學生、財務、科研等業務骨干組成5個檢查組，對受檢學校2015年辦學條件、教學任務、校園建設、財務資產負債和法人財產權落實情況、安全穩定工作等進行檢查。其中民辦高校、獨立學院重點檢查的是各校師資隊伍建設和2014年年檢反饋意見的整改落實情況。省屬民辦非學歷高等教育機構的檢查重點為學校創新發展、規范辦學和財務管理等情況。檢查組通過聽取學校負責人匯報、查閱檔案資料、實地查驗辦學設施、組織教師學生座談會等形式開展年檢工作，對每校的年檢情況進行評議，形成年檢評價意見。